袁隆平最近透露，湖南杂交水稻研究中心正在积极研究第三代育种方法。由于与前两代的优势相兼容，这意味着它可能会培育出更高产量、更高质量和更好的抗杂交水稻。
第一代杂交水稻采用三系法，通过不育、维持和恢复形成杂交一代。该方法程序复杂，种植环节多，成本高，选择优良组合的可能性低，难以解决高产与高质量杂交水稻之间的矛盾。第二代育种方法是两种方法，即利用不育和恢复杂交实现分组自由，选择优良品种的可能性远高于第三种方法。目前，我国杂交水稻育种一般采用第二代方法，每亩产量超过1000公斤，水稻质量达到国家二级优质水稻标准Y以两优900为代表的优质品种。
但也缺乏第二代育种方法。湖南杂交水稻研究中心副主任张玉烛表示，这两种方法容易受到温度的影响，种子生产风险较大。它通常会给种子企业造成巨大的损失。如果不能识别，也会影响农民的生产。
袁隆平介绍，中国第三代杂交水稻以工程不育系为遗传工具，具有三系法育性稳定、两系法组自由等优点。最大的特点是母本不受环境影响，种子安全，组自由，可以培育出更多的优良品种。
在人多地少的地区，高产主要是育种目标，可以选择高产基因组。对于容易感染稻瘟病的地区，可以引入抗病基因，不断提高抗病性。要培育综合性质较好的杂交水稻，如高产、高质量、抗性好、适应性强高产、高质量、高抗性、高适应性的基因，使杂交水稻的质量提升到一个新的水平。张玉烛说。
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